Die Besiedlung Japans lässt sich anhand archäologischer Funde weit zurück verfolgen. Die weltweit ersten Keramik-Erzeugnisse werden dem Volk der Jomon (ca. 10.000 v. Chr. - ca. 300 v. Chr.) zugeschrieben. Die heutigen Japaner stammen jedoch überwiegend von den Yayoi aus Sibirien, Korea oder China ab, welche das Volk der Jomon zunehmend verdrängten. Mit der Übersiedlung der Yayoi vollzog sich auch ein Kulturwandel, im Zuge dessen landwirtschaftliche Produktionsmethoden optimiert und Handelsbeziehungen ausgebaut wurden. Als um 300 n. Chr. die Königin Himiko herrschte, wurde "Yamato" erstmals von China als eigenständiges Land anerkannt. In der folgenden Nara-Epoche nahm der Einfluss Chinas auf das nach Fortschritt strebende Japan zu; der Buddhismus fand weiten Zuspruch und auch das Rechts- und Verwaltungswesen wurden durch das chinesische Vorbild, insbesondere durch den Konfuzianismus, geprägt. Nachdem gegen Ende des 8. Jh. in Nara eine Epidemie wütete, wurde die Hauptstadt 794 nach Heian verlegt. Die ansässige Herrscherfamilie beförderte zwar eine kulturelle Blütezeit, gleichzeitig jedoch übernahmen rivalisierende Militärclans - die Samurai - zunehmend die Machtausübung, die schließlich unter den Minamoto in die Begründung des lang anhaltenden Shogunats und in ein feudales Herrschaftssystem mündete. 1274 und 1281 sah sich das Japanische Reich mit einer mongolischen Invasion durch einen Nachfahren Dschingis Khans konfrontiert. Doch heftige Taifune vereitelten das Vorhaben des Mongolen-Anführers Kublai Khan, was die Japaner als eine gottgewollte Bestimmung interpretierten. Der Frieden im Land hielt jedoch nicht lange an, es folgte eine "Zeit der streitenden Reiche", welche gleichzeitig eine kulturelle Hochzeit darstellte (No-Theater, Enstehung der Teezeremonie). Erst gegen Ende der sich an die kriegerische Muromachi-Zeit (1333-1573) anschließenden Sengoku-Epoche gelang es im späten 16. Jh., die lang anhaltenden Fehden der Stämme zu überwinden. Um die politische Stabilität zu bewahren, verfolgte der Shogun Ieyasu aus der Tokugawa-Familie eine konsequente Status-Quo-Politik, die zur Abschottung Japans führte. Für Japaner galt in jener Edo-Ära (1600-1868) das Ausreise-Verbot, während Ausländern nicht mehr gestattet war, einzureisen.
Die machtpolitische Schwäche des Tokugawa-Regimes offenbarte sich, als es den USA gelang, von Japan die Öffnung seiner Märkte für den Handelsverkehr zu erzwingen. Infolge des ansteigenden Unmuts über das Shogunat erfolgte schließlich 1868 ein Putsch der Samurai und die Wiedereinsetzung eines repräsentativen Kaisertums, wobei Japans moderne Verfassung eine konstitutionelle Monarchie festlegte. Der Kaiser Meiji starb 1912, nachdem Japan zu einer wirtschaftlich bedeutenden Weltmacht aufgestiegen war und seinen Machteinfluss infolge der Kriege mit den Nachbarländern China, Russland und Korea auch territorial expandieren konnte. Auch nach dem Ersten Weltkrieg verfolgte Japan weiterhin einen aggressiven Annexions-Kurs. Nach der Invasion in der Mandschurei verübte Japan im chinesischen Nanking ein beispielloses Massaker an der dortigen Bevölkerung. Japans Eintritt in den Zweiten Weltkrieg mit dem Angriff auf Pearl Harbor endete verlustreich, als nach dem Abwurf zweier Atombomben über Nagasaki und Hiroshima im August 1945 die bedingungslose Kapitulation verkündet wurde. In der Nachkriegszeit, der Showa-Ära gelang ein starker wirtschaftlicher Aufschwung, der bis zu Beginn der 1990er Jahre andauert. Seit dem "Platzen der sog. Bubble Economy" allerdings verzeichnet Japan eine wirtschaftliche Stagnation. Das heftige Erdbeben von Kobe 1995 versetzte Japan einen zusätzlichen Schock; 5000 Menschen starben. Dass Japan sich immer wieder mit einschneidenden Naturkatastrophen konfrontiert sieht, zeigt sich dramatisch an den jüngsten Ereignissen. Der durch ein Seebeben der Stärke 9,0 auf der Richterskala ausgelöste Tsunami zerstörte weite Teile der nordöstlichen Küstenregion. Die Folgen des Reaktorunglücks im Kraftwerk Fukushima und das Ausmaß radioaktiver Verstrahlung sind bisher kaum abschätzbar.